E' una delle più antiche città della Sicilia, infatti numerosi reperti archeologici testimoniano un passato preistorico, mentre le molteplici tracce di sepolture ancora presenti nel territorio inducono a ipotizzare insediamenti umani sia nel III-II secolo a. C, sia durante il basso Impero e l'età bizantina. Secondo il parere dello storico locale, padre Ignazio Noto Vizzini, si identifica con l'antica Bedis greca e con la Bidis romana, ricordata da Cicerone nelle Verrine e da Plinio come città stipendiaria di Roma. Secondo altri studiosi Vizzini sarebbe sorta nel periodo saraceno, del quale rimane un'iscrizione in un trittico conservato nell'attuale chiesa Madre, che documenta l'incendio patito da Vizzini in quell'epoca. Nel corso dei secoli ebbe varie vicissitudini, che portarono anche alla trasformazione del nome: dall'originario nome greco Bidi, da Be-dis (cioè andò due volte, in riferimento al passaggio dell'antico fiume Achates dai due lati del colle-castello), si giunse a Vizzini attraverso le variazioni attuate dagli Arabi prima e dagli Spagnoli dopo il 1730.

Sotto i Normanni fu governata dal conte Roberto; durante il Medioevo conobbe la signoria feudale degli Alagona e dei Chiaramonte, che la governarono per molto tempo; fu tra le cinque città "reginali" dell'isola, particolarmente amata dalla regina Bianca; insignita nel 1540 del titolo di "obbedientissima" durante il regno di Carlo V; venduta nel 1629 da Re Filippo e comprata da Nicolò Schittino nel 1693. Anche Vizzini fu rasa al suolo dal terremoto del 1693.