L'origine del nome del paese è legato alla tradizione religiosa secondo la quale i tre fratelli, Alfio, Delfio e Cirino furono, nel 253 d.C., deportati in Sicilia per essere martirizzati. Passando dal luogo dove oggi sorge Sant'Alfio, avvenne il "miracolo della trave". Da qui il primo nome dato al paese: Sant'Afiu a Vara. I primi abitanti del luogo costruirono la Chiesa Madre ed introdussero il culto dei tre Santi.

Agli inizi del XVII secolo si costituì un primo nucleo urbano nel territorio della Contea di Mascali, nell'Ottocento il territorio passò al nuovo comune di Giarre, dal quale ottenne l'autonomia nel 1926.