Il suo nome, San Giovanni, deriva dal Santo omonimo e patrono della cittadina a cui è stata dedicata la chiesa Madre. L'appositivo "La Punta" nasce da una credenza popolare secondo la quale una colata lavica si sarebbe fermata, lasciando una punta della borgata.

Nel territorio sono stati trovati resti di periodo greco-romano, ma le prime notizie certe sul comune risalgono a metà del '600, citato come "casale", già sotto la giurisdizione amministrativa di Catania. Venduto al banchiere Giovanni Andrea Massa, nel 1654 Giuseppe Emanuele Massa, nipote di questi, si fregiò del titolo di Conte si San Giovanni La Punta. Fu sotto il dominio della famiglia Massa, duchi di Aci Castello, sino all'abolizione dei diritti feudali.

Fu centro di villeggiatura tra i più importanti nel corso dell'Ottocento, quando divenne la meta preferita delle famiglie aristocratiche catanesi, che costruirono numerose abitazioni civili di notevole eleganza.