Il suo toponimo può essere fatto risalire ad "Epidaurum", la città del Peloponneso dalla quale partì, nell'VIII secolo a.C., una colonia per la Sicilia. Secondo un'altra ipotesi deriverebbe dal latino "apud ara", cioè ai piedi dell'ara, in relazione ad alcune rovine ubicate sull'Etna, nella zona di "Torre del Filosofo", dove la tradizione mitologica collocava un altare dedicato a Giove Etneo, che fu a lungo simbolo del Comune.

In realtà non si hanno notizie certe sulle origini di Pedara a causa delle continue eruzioni dell'Etna, che hanno cancellato le tracce più antiche del paese. L'ipotesi più accreditata resta comunque la fondazione durante la colonizzazione greca.

Si ipotizza una successiva dominazione romana, testimoniata dal rinvenimento di reperti di epoca imperiale, a nord del centro abitato, che attestano la presenza di un insediamento militare.

I più antichi documenti che menzionano Pedara risalgono al XII secolo d. C. Sotto i Normanni entrò a far parte delle "vigne" di Catania, in seguito l'insediamento formò un villaggio attorno alla comunità agricola Benedettina di "Santa Maria di Boscochiuso".

Il primo documento riguardante Pedara è però del 1388, quando il vescovo Simone del Pozzo autorizzò gli abitanti a costruire la prima chiesa parrocchiale dedicata alla Vergine Maria. Poco tempo dopo gli abitanti, bisognosi soprattutto di nuovi luoghi da coltivare, si insediarono gradualmente più a valle, dando vita all’attuale quartiere della “Matrice”. Già casale di Catania, nel 1641 Pedara divenne feudo insieme a Viagrande e Trecastagni, della famiglia Di Giovanni e, successivamente, degli Alliata di Villafranca. La storia di questo centro abitato è, dopo questo periodo, strettamente legata ai catastrofici eventi naturali del 1669 e del 1693, che lo distrussero completamente. Fu riedificato per la prima volta da Don Diego Pappalardo, nel '700, ma nonostante la decisa opera di ricostruzione, Pedara non potè più riappropriarsi in pieno di quel benessere acquisito nei decenni precedenti perché, perdendo soprattutto la sua autonomia, si avviò verso un inesorabile declino. Solo con la riforma amministrativa borbonica, nell'800, divenne comune autonomo.